Situé à 320m d’altitude, le terroir de Saint-Thomas se répartit en trois espaces : des bois, des boulbènes cultivables et du terrefort argileux jadis propice à l’artisanat de la poterie.
Appelée à l’origine "Saint-Thomas-du-Désert", la communauté est depuis 1136, l’objet d’un conflit entre les Jourdain et les comtes de Comminges .

En raison de la dot des filles du seigneur du Savès , qui épouse respectivement le Seigneur de l’Isle et le comte de Comminges , Bernard IV réclame à Jourdain les castra de Castéras, de Laserre et de Merville, alors que Jourdain a des prétentions sur Saint-Thomas.

Une guerre féodale se déroule entre 1190 et 1206, et Raymond V obtient un compromis signé à Verdun en donnant Saint-Thomas aux Comminges et Sainte-Livrade aux L’Isle .

Dès lors, Saint-Thomas, dépendant de la directe comtale puis royale, n’a plus jamais de seigneur intermédiaire. II y a néanmoins de petits domaines seigneuriaux comme celui des Rantins , aux mains d’une branche des Seysses-Saves .

Contrairement à Bonrepos ou à Saiguède qui sont des communautés de cultivateurs, Saint-Thomas est un village d’artisans avec 5 moulins à vent, 2 tuileries, des presseurs d’huile, des cordonniers, des cercliers et surtout des potiers.

En 1876, une crise éclate entre Empeaux et Saint-Thomas. Scandalisé des revendications territoriales d’Empeaux, Saint-Thomas demande l’annexion.