L’ancien village castral, de plan carré, est vraisemblablement l’un des plus anciens villages fortifiés du secteur.
Cette structure, qui précède les castelnaux circulaires, se serait élevée au milieu du XIIieme siècle.
Une rangée primitive de maisons demeure, mais à l’origine toute la communauté se trouvait sur cet édifice, avec certainement une église.
Ouvert par une porte équipée d’un pont-levis, le fort est réutilisé pendant les guerres de religion.
Saint-Thomas est alors une place forte catholique relevant du roi et de ses états du Comminges , face à la citadelle protestante de l’ Isle-Jourdain .

En 1567, un capitaine et sa troupe y sont installés, mais après son départ, le bourg est livré au pillage.
Dubourg , capitaine huguenot de L’Isle, accepte de laisser les habitants tranquilles, contre de l’argent et la promesse de ne pas se servir du fort contre lui.

Le fort, l’enclos et les fossés échoient à l’état français par héritage des possessions de la royauté.

En 1841, l’État s’inquiète de ses biens à Saint-Thomas, et la mairie exhibe les privilèges de 1552 où la jouissance du fort est accordée à la communauté.

Voici une vidéo du survol de la mare qui subsiste. Cette dernière est la seule partie restante des ex fossés du fort sachant que les parties « nord » et « ouest » ont été comblées à l’occasion de la construction du bâtiment qui accueille actuellement l’école primaire : survol de la mare